《內經》理論體系
歷代醫家用分類法對《內經》進行研究。其中分類最繁的是楊上善，分做18 類;最簡的是沈又彭，分做4 卷。各家的認識較為一致的是臟象(包括經絡)、病機、診法和治則四大學說。這四大學說是《內經》理論體系的主要內容。
(一)臟象學說
臟象學說是研究人體臟腑組織和經絡系統的生理功能、相互之間的聯系以及在外的表象乃至與外環境的聯系等等之學說。
臟象學說是以五臟六腑十二經脈為物質基礎的。《靈樞·經水》說：“若夫八尺之士，皮肉在此，外可度量切循而得之。其死，可解剖而視之，其臟之堅脆，腑之大小，谷之多少，脈之長短，血之清濁，氣之多少，十二經之多血少氣，與其少血多氣，與其皆血多氣，與其皆少血氣，皆有大數。”當然有關解剖學之內容還遠不止此，但更重要的還是通過大量的醫療實踐不斷認識、反復論證而使此學說逐漸豐富起來的，最終達到了指導臨床的高度。
《黃帝內經》充分認識到“有諸內必形諸外”的辯證法則，使臟象學說系統而完善。正如《靈樞·本臟》說：“視其外應以知其內臟，則知所病也。”
臟象學說主要包括臟腑、經絡和精氣神三部分。臟腑又由五臟、六腑和奇恒之腑組成。五臟，即肝、心、脾、肺、腎。《素問·五臟別論》指出：“所謂五臟者，藏精氣而不瀉也，故滿而不能實。”《靈樞·本臟》說：“五臟者，所以藏精、神、血、氣、魂、魄者也。”六腑，即膽、胃、大腸、小腸、膀胱和三焦。《素問·五臟別論》說：“六腑者，傳化物而不藏，故實而不能滿也。”奇恒之腑也屬于腑，但又異于常。系指腦、髓、骨、脈、膽和女子胞。這里邊膽即是大腑之一，又屬于奇恒之腑。《素問·五臟別論》說：“腦、髓、骨、脈、膽、女子胞，此六者地氣之所生也，皆藏于陰而象于地，故藏而不瀉，名曰奇恒之腑。”臟腑雖因形態功能之不同而有所分，但它們之間卻不是孤立的，而是相互合作、相互為用的。如《素問·五臟生成篇》說：“心之合脈也，其榮色也，其主腎也;肺之合皮也，其榮毛也，其主心也;肝之合筋也，其榮爪也，其主肺也;脾之合肉也，其榮唇也，其主肝也;腎之合骨也，其榮發也，其主脾也。”又如《靈樞·本輸》說：“肺合大腸，大腸者，傳導之腑。心合小腸，小腸者，受盛之腑。肝合膽，膽者，中精之腑。脾合胃，胃者，五谷之腑。腎合膀胱，膀胱者，津液之腑。三焦者，中瀆之腑也，水道出焉，屬膀胱，是孤之腑也。是六腑之所與合者。”
經絡系統可以分經脈、絡脈和腧穴三部分。《靈樞·本臟》說：“經脈者，所以行血氣而營陰陽，濡筋骨，利關節者也。”經脈有正經十二：手太陰肺經、手陽明大腸經、足陽明胃經、足太陰脾經、手少陰心經、手太陽小腸經、足太陽膀胱經、足少陰腎經、手厥陰心包經、手少陽三焦經、足少陽膽經、足厥陰肝經。十二經脈首尾相聯如環無端，經氣流行其中周而復始。另有別于正經的奇經八脈：督脈、任脈、沖脈、帶脈、陰蹺脈、陽蹺脈、陰維脈、陽維脈。(需要說明的是“奇經八脈”一名始于《難經·二十七難》)
經脈之間相交通聯絡的稱絡脈。其小者為孫絡不計其數;其大者有十五，稱十五絡脈。《靈樞·經脈》言之甚詳，這里僅摘其要：手太陰之別，名曰列缺;手少陰之別，名曰通里;手心主之別，名曰內關;手太陽之別，名曰支正;手陽明之別，名曰偏歷;手少陽之別，名曰外關;足太陽之別，名曰飛陽;足少陽之別，名曰光明;足陽明之別，名曰豐隆;足太陰之別，名曰公孫;足少陰之別，名曰大鐘;足厥陰之別，名曰蠡溝;任脈之別，名曰尾翳;督脈之別，名曰長強;脾之大絡，名曰大包。
腧穴為經氣游行出入之所，有如運輸，是以名之。《黃帝內經》言腧穴者，首見《素問·氣穴論》，再見于《素問·氣府論》，兩論皆言三百六十五穴。實際《氣穴論》載穴三百四十二，《氣府論》載穴三百八十六。
精氣神為人身三寶。精，包括精、血、津、液;氣，指宗氣、榮氣、衛氣;神，指神、魂、魄、意、志。《靈樞·本臟》說：“人之血氣精神者，所以奉身而周于性命者也。”精和氣是構成人體的基本物質，氣和神又是人體的復雜的功能，也可以認為氣為精之御，精為神之宅，神為精氣之用。
(二)病機學說
研究疾病發生、發展、轉歸及變化等等之內在機理的學說稱病機學說。
《黃帝內經》所說“審察病機，無失氣宜”“謹守病機，各司其屬”(皆出自《素問·至真要大論》)皆為此學說之內容。現從病因、發病和病變三方面加以敘述：
1.病因：引起人發病的原因很多，《黃帝內經》將其歸納為二類。《素問·調經論》說：“夫邪之生也，或生于陰，或生于陽。其生于陽者，得之風雨寒暑;其生于陰者，得之飲食居處，陰陽喜怒”。風雨寒暑實為“六淫”的概括;陰陽喜怒乃“七情”的概括;飲食居處即“飲食勞倦”。可以認為這就是后世三因說之濫觴。
2.發病：正邪雙方力量的對比，決定著疾病的發生與發展。《靈樞·百病始生》說：“風雨寒熱，不得虛邪，不能獨傷人。卒然逢疾風暴雨而不病者，蓋無虛。故邪不能獨傷人，此必因虛邪之風，與其身形，兩虛相得，乃克其形。”這就是“正氣存內，邪不可干”之意。《素問·上古天真論》所說“精神內守，病安從來”，《素問·評熱病論》所說“邪之所湊，其氣必虛”等，都論證了這一點。
3.病變：疾病的變化是復雜的，《黃帝內經》概括病變也是多方面的，有從陰陽來概括的，如《素問·陰陽應象大論》：“陽受風氣，陰受濕氣”;“陽病者上行極而下，陰病者下行極而上”：“陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒”：“陽受之則入六腑，陰受之則入五腑”。《素問·宣明五氣篇》亦有“邪入于陽則狂，邪入于陰則痹;搏陽則為癲，搏陰則為瘖;陽入之陰則靜，陰出之陽則怒”。
用表里中外歸納的，如《素問·玉機真臟論》：“其氣來實而強，此謂太過，病在外;其氣來不實而微，此謂不及，病在中。”又如《素問·至真要大論》有“從內之外”、“從外之內”、“從內之外而盛于外”、“從外之內而盛于內”及“中外不相及”等病變規律。
用寒熱歸納的，如《靈樞·刺節真邪》：“陽盛者則為熱，陰盛者則為寒”。又如《素問·調經論》：“陽虛則外寒，陰虛則內熱，陽盛則外熱，陰盛則內寒”。
從虛實而論者，如《素問·通評虛實論》：“邪氣盛則實，精氣奪則虛。”又如《素問·調經論》：“氣之所并為血虛，血之所并為氣虛。”實指邪氣盛，虛指正氣衰。概括說來，有正虛而邪實者，有邪實而正不虛者，有正虛而無實邪者，有正不虛而邪不實者。
以上為病機學說之梗概。
(三)診法學說
望聞問切四診源于《黃帝內經》，如《素問·陰陽應象大論》說：“善診者，察色按脈，先別陰陽，審清濁，而知部分;視喘息，聽音聲，而知所苦;觀權衡規矩，而知病所主;按尺寸，觀浮沉滑澀，而知病所生。以治無過，以診則不失矣。”又如《靈樞·邪氣臟腑病形》說：“見其色，知其病，命曰明;按其脈，知其病，命曰神;問其病，知其處，命曰工。”《黃帝內經》論診法者甚多，謹按望聞問切之序列舉如下：
1.望診：包括觀神色、察形態、辨舌苔。
觀神色者如《靈樞·五色》：“五色各見其部，察其浮沉，以知淺深;察其澤天，以觀成敗;察其散摶，以知遠近;視色上下，以知病處;積神于心，以知往今。”又如《靈樞·五閱五使》：“肺病者喘息鼻脹;肝病者，眥青;脾病者，唇黃;心病者，舌卷短，顴赤;腎病者，顴與顏黑。”又如《靈樞·五色》說：“赤色出兩顴，大如母指者，病雖小愈，必卒死”。這些在臨床上都是很有意義的。
察形態者，如《素問·經脈別論》：“診病之道，觀人勇怯、骨肉、皮膚，能知其情，以為診法也。”這是察看人的骨肉皮膚而推斷病情的例證。又如《素問·刺志論》說：“氣實形實，氣虛形虛，此其常也，反此者病。”
在臨床上虛實是錯綜復雜的，只有知其常，才能達其變。
辨舌苔者，如《素問·熱論》：傷寒五日，“口燥舌干而渴。”《素問·刺熱論》：肺熱病者，“舌上黃”。又如《靈樞》：“舌本爛、熱不已者死。”其他如“舌本出血”、“舌本干”、“舌本強”、“舌卷”、“舌萎”等等不能一一列舉。
2.聞診：包括聞聲和嗅氣味。
聞聲音者如《素問·陰陽應象大論》：“聽音聲而知所苦”，“脾在變動為噦”;又如《素問·刺熱論》：“肝熱病者，熱爭則狂言及驚。”再如《素問·調經論》：“神有余，則笑不休，神不足，則悲”。這些都是聽患者的聲音而診斷病情的。
其次是嗅氣味，如《素問·金匱真言論》所說肝病其臭臊，心病其臭焦，脾病其臭香，肺病其臭腥，腎病其臭腐。
3.問診：問訊患者的自覺癥狀以診斷病情是謂問診。如《素問·三部九候論》說：“必審問其所始病，與今之所方病”，又如《素問·移精變氣論》說：“閉戶塞牖，系之病者，數問其情，以從其意”。又如《素問·疏五過論》：“凡欲診病者，必問飲食居處，暴樂暴苦，始樂后苦”。
4.切診：包括切脈與切膚。《黃帝內經》言切脈最詳，實難備述，姑擇其要：
(1)三部九候法：即分頭手足三部，每部分天地人三候。詳《素問·三部九候論》。
(2)人迎寸口脈法：即兼診人迎和寸口兩處之脈，互相比較。詳見《靈樞·終始》、《四時氣》、《禁服》、《五色》。
(3)調息法：即調醫者之呼吸，診病人之脈候。如《素問·平人氣象論》：“常以不病調病人，醫不病，故為病人平息以調之為法。人一呼脈一動，一吸脈一動，曰少氣。人一呼脈三動，一吸脈三動，而躁、尺熱，曰病溫;尺不熱、脈滑，曰病風;脈澀曰痹。人一呼脈四動以上，曰死;脈絕不至，曰死;乍疏乍數，曰死。”
(4)謂胃氣脈：脈象之中有無胃氣，至關重要，有胃氣則生，無胃氣則死。如《素問·平人氣象論》說：“春胃微弦曰平;弦多胃少曰肝病;但弦無胃曰死”。“夏胃微鉤曰平;鉤多胃少曰心病;但鉤無胃曰死”。“長夏胃微軟弱曰平;弱多胃少曰脾病;但代無胃曰死”。“秋胃微毛曰平;毛多胃少曰肺病;但毛無胃曰死”。“冬胃微石曰平;石多胃少曰腎病;但石無胃曰死。”
(5)六綱脈：《黃帝內經》所載脈象很多，如浮、沉、遲、數、虛、實、滑、澀、長、短、弦、細、微、濡、軟、弱、散、緩、牢、動、洪、伏、芤、革、促、結、代、大、小、急、堅、盛、躁、疾、搏、鉤、毛、石、營、喘等等。但常以六脈為綱加以概括，如《靈樞·邪氣臟腑病形》說：“調其脈之緩、急、大、小、滑、澀，而病變定矣。”
其次是切膚：膚泛指全身肌膚，按肌膚而協助診斷的內容很多，如“按而循之”、“按而彈之”等等。但論之最詳細的是切尺膚。如《靈樞·論疾診尺》說：“余欲無視色持脈，獨診其尺，以言其病，從外知內，為之奈何?”對曰：“審其尺之緩、急、大、小、滑、澀，肉之堅脆，而病形定矣。”因為脈象與尺膚有必然的聯系，故診病時亦可互相配合。故《靈樞·邪氣臟腑病形》說：“脈急者，尺之皮膚亦急;脈緩者，尺之皮膚亦緩;脈小者，尺之皮膚亦減而少氣;脈大者，尺之皮膚亦賁而起;脈滑者，尺之皮膚亦滑;脈澀者，尺之皮膚亦澀。凡此變者，有微有甚”。
(四)治則學說
研究治療法則的學說稱治則學說。《黃帝內經》對治療法則是頗有研究的，至少可以從以下幾方面加以概括：
1.防微杜漸：包括未病先防和已病防變。如《素問·上古天真論》說：“虛邪賊風，避之有時;恬淡虛無，真氣從之;精神內守，病安從來”，“飲食有節，起居有常，不妄作勞，故能形與神俱，而盡終其天年，度百歲乃去”。他如“春夏養陽、秋冬養陰”等等皆言預防疾病。有病早治防其傳變的如：《素問·陰陽應象大論》說：“故邪風之至，疾如風雨，故善治者治皮毛，其次治肌膚，其次治筋脈，其次治六腑，其次治五臟。治五臟者，半死半生也。”
2.因時、因地、因人制宜：因時制宜者，如《素問·六元正紀大論》：“司氣以熱，用熱無犯;司氣以寒，用寒無犯;司氣以涼，用涼無犯;司氣以溫，用溫無犯”。這是告誡醫者用藥勿犯四時寒熱溫涼之氣。
因地制宜者，如“至高之地，冬氣常在;至下之地，春氣常在”(同上篇)，在治療時不可一概而論，必須加以區別。而《素問·異法方宜論》論述東南西北中“一病而治各不同”的因地制宜甚詳，如東方之域，其治宜砭石;西方之域，治宜毒藥;北方之域，治宜灸祔;南方之域，治宜微針;中央之域，治宜導引按偁。
因人制宜者，如《素問·五常政大論》：“能(讀如耐)毒者，以厚藥;不勝毒者，以薄藥。”又如《素問·征四失論》：“不適貧富貴賤之居，坐之厚薄，形之寒溫，不適飲食之宜，不別人之勇怯，不知比類，足以自亂，不足以自明，此治之三失也。”
3.標本先后：即因病之主次而先后施治。《素問·至真要大論》說：“夫標本之道，要而博，小而大，可以言一而知百病之害。言標與本，易而勿損，察本與標，氣可令調”。有關標本先后施治的大法在《素問·標本病傳論》中言之最詳，茲不贅述。
4.治病求本：這是《黃帝內經》治則中最根本的一條。《素問·陰陽應象大論》說：“治病必求于本。”
5.因勢利導：在治病求本的基礎上巧妙地加以權變。如“因其輕而揚之，因其重而減之，因其衰而彰之”，“其高者，因而越之;其下者，引而竭之;中滿者，瀉之于內”，“其在皮者，汗而發之”。(皆出《素問·陰陽應象大論》)
6.協調陰陽：此為治療之大法，故《素問·至真要大論》說：“謹察陰陽所在而調之，以平為期”，《素問·陰陽應象大論》說：“陽病治陰，陰病治陽”。
7.正治反治：正治亦稱逆治，是與病情相逆的直折的治療方法。比如“熱者寒之，寒者熱之，虛者補之，實者瀉之”之類;反治也稱從治，如“寒因寒用，熱因熱用，通因通用，塞因塞用”之類。故《素問·至真要大論》說：“微者逆之，甚者從之。逆者正治，從者反治，從少從多，觀其事也。”
8.適事為度：無論扶正還是祛邪都應適度，對于虛實兼雜之癥，尤當審慎。切記“無盛盛，無虛虛”，即使用補，也不能過。因為“久而增氣，物化之常也，氣增而久，夭之由也”(《素問·至真要大論》)。《素問·五常政大論》還說：“大毒治病，十去其六;常毒治病，十去其七;小毒治病，十去其八;無毒治病，十去其九。谷肉果菜，食養盡之，無使過之，傷其正也。”
9.病為本，工為標：《素問·湯液醪醴論》指出：“病為本，工為標。”這是說病是客觀存在的，是本;醫生認識治療疾病，是標。醫生必須以病人為根據，這樣才能標本相得，治愈疾病。
10.辨證施治：《黃帝內經》雖未提出“辨證施治”一詞，卻有辨證施治之實。上述幾點均含此意，而書中已有臟腑辨證、經絡辨證、八綱辨證、六經辨證的內涵。
11.制方遣藥：《黃帝內經》雖載方藥無多，但其方藥之理已具。《素問·至真要大論》說：“辛甘發散為陽，酸苦涌泄為陰，咸味涌泄為陰，淡味滲泄為陽。六者或收或散，或緩或急，或燥或潤，或軟或堅，以所利而行之，調其氣，使其平也。”又有“主病之謂君，佐君之謂臣，應臣之謂使”，“君一臣二，制之小也;君一臣三佐五，制之中也;君一臣三佐九，制之大也”，“君一臣二，奇之制也;君二臣四，偶之制也;君二臣三，奇之制也;君二臣六，偶之制也。故曰：近者奇之，遠者偶之，汗者不以奇，下者不以偶，補上治上制以緩，補下治下制以急，急則氣味厚，緩則氣味薄，適其至所，此之謂也”。如此等等，實難盡述。
12.針刺灸祔：《黃帝內經》言經絡、腧穴、針刺、灸祔者甚多，不遑列舉。單就補瀉手法則有呼吸補瀉(見《素問·離合真邪論》)、方員補瀉(見《素問·八正神明論》及《靈樞·官能》)、深淺補瀉(見《靈樞·終始》)、徐疾補瀉(見《素問·針解篇》)和輕重補瀉(見《靈樞·九針十二原》)等，這些手法一直被后世所沿用。
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